当前，本中心拥有的FEI高端型号物镜球差校正透射电镜 （FEI-Themis Z）、聚光镜球差校正透射电镜 Titan Cubed Themis G2 300、高分辨场发射透射电镜 Talos F200X、LaB6透射电镜 Tecnai G2 Spirit TWIN、聚焦离子束-电子束双束设备 Helios NanoLab 460HP、超高分辨场发射扫描电镜 Verios 460L 以及环境场发射扫描电镜 Quanta FEG 250，共计7台电镜已经投入使用。